La gestione finanziaria di Enav è sottoposta al controllo, a fini di tutela della finanza pubblica, della Corte dei conti (legge 21 marzo 1958 n. 259). L'attività è svolta dal Magistrato della Corte dei conti, Pres. Mauro Orefice. Il Magistrato della Corte dei conti delegato al controllo assiste alle sedute del Consiglio di Amministrazione e del Collegio Sindacale.