ENAV pone grande attenzione alla politica di salvaguardia ambientale e, seguendo le linee guida internazionali, ha realizzato nuove iniziative volte ad operare una riduzione di gas serra nell'atmosfera. A tale proposito la Società ha realizzato il Flight Efficiency Plan (FEP), un piano che consente alle compagnie aeree di volare, nel rispetto della sicurezza, con profili di volo sempre più efficienti, rendendo le rotte dirette con effetti positivi su costi, consumo ed emissioni nocive. La politica di attenzione all'ambiente della Società è rivolta inoltre ai progetti di risparmio energetico, come gli impianti fotovoltaici istallati su alcune strutture.